Bệnh viện đa khoa Cửa Đông đầu tư Labô xét nghiệm hiện đại gồm nhiều thiết bị tự động hoàn toàn.
Bệnh viện Đa khoa Cửa Đông là đơn vị y tế đầu tiên tại Nghệ An triển khai kỹ thuật xét nghiệm ADN và tầm soát ung thư và đang được thực hiện thường quy đem lại hiệu quả cao. Labo xét nghiệm hiện đại làm được hầu hết các xét nghiệm mà tuyến Tỉnh và Trung ương thường làm như máy xét nghiệm sinh hóa, miễn dịch Cobas 6000 hãng Roche của Mỹ; máy xét nghiệm sinh hóa AU400 của Nhật; máy xét nghiệm sinh học phân tử của Pháp, máy xét nghiệm huyết học hoàn toàn tự động của Nhật… Đây có thể coi là hệ thống xét nghiệm hiện đại ở Việt Nam hiện nay. Phục vụ đáp ứng đủ nhu cầu điều trị của bệnh nhân 2 tỉnh Nghệ An và Hà Tĩnh.
Ngoài ra, Bệnh viện còn đầu tư hệ thống 2 máy xét nghiệm vi khuẩn H.Pylori dạ dày bằng hơi thở, không đau rát, không xâm lấn, độ chính xác cao.