Bệnh viện Đa khoa Cửa Đông được thành lập vào đầu năm 2002. Trong thời gian đầu mới thành lập, bệnh viện gặp muôn vàn khó khăn và thử thách. Máy móc trang thiết bị y tế nghèo nàn lạc hậu, đội ngũ y, bác sĩ, nhân viên bệnh viện còn ít, nhân lực mỏng, trình độ chuyên môn chưa cao. Trên chặng đường phát triển, bệnh viện từng bước khắc phục từng khó khăn và luôn lấy chất lượng khám chữa bệnh luôn là tiêu chí được ưu tiên hàng đầu.

Năm 2010 bệnh viện đã có các phòng: Khoa Khám bệnh, khoa Nội, khoa Ngoại – GMHS, khoa TMH – RHM – Mắt, khoa Sản, khoa Đông y – Phục hồi chức năng, khoa Truyền nhiễm, khoa Hồi sức cấp cứu, khoa CĐHA – Thăm dò chức năng, khoa Xét nghiệm, khoa Dược. Về nhân lực, tổng số cán bộ công nhân viên gần 400 người gồm 4 Giáo sư cố vấn, 4 BSCKII, 40 BSCKI và thạc sỹ, 42 Bác sỹ chuyên khoa, 3 dược sỹ đại học, 176 điều dưỡng, NHS và KTV, 13 cử nhân kinh tế, 6 cử nhân tin học, 4 cử nhân điều dưỡng, 103 nhân viên khác.

Ngày 2/12/2017, Bệnh viện Đa khoa Cửa Đông kỷ niệm 15 năm thành lập, đón nhận Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ và công bố quyết định trở thành đơn vị vệ tinh của Bệnh viện Bạch Mai – Hà Nội. Theo đó, Bệnh viện Bạch Mai sẽ hỗ trợ cho Bệnh viện Đa khoa Cửa Đông trong việc: Chuyển giao các kỹ thuật y tế cơ bản và chuyên sâu; Cử cán bộ luân phiên hỗ trợ chuyên môn, kỹ thuật; Hội chẩn và chia sẻ kinh nghiệm chẩn đoán, điều trị trực tiếp hoặc trực tuyến; Hỗ trợ triển khai các kỹ thuật cao trên cơ sở phát huy hiệu quả cơ sở hạ tầng, trang thiết bị y tế và nguồn lực của Bệnh viện Đa khoa Cửa Đông…